Fortaleza militar construida en honor al Rey Felipe III sobre las ruinas de un presidio en 1747, durante el gobierno de José Manzo de Velasco, y concluida en 1773 por el virrey Amat y Juniet. Este fuerte se construyó para defender Lima de piratas y corsarios.
El museo incluye la Casa Rodil, último bastión del gobierno colonial en el Perú, una sala con 12 cañones, aljibes utilizados como depósitos de agua y calabozos, y varias salas temáticas como la Sala de Armas, Sala de Independencia y Sala Mariscal Ramón Castilla.